Zakażenia jelitowe należą do najczęstszych chorób jelit. Patogeny i pasożyty spożyte przez zepsutą żywność lub zanieczyszczoną wodę pitną mogą uszkodzić błonę śluzową jelit poprzez toksyny. W efekcie pojawia się biegunka, ból brzucha i utrata apetytu. Szczególnie ciężkie infekcje, z których część może być śmiertelna, mogą wywołać patogeny duru brzusznego i cholery. Jeśli zapalenie dotyczy tylko wyrostka robaczkowego, nazywa się to zapaleniem wyrostka robaczkowego. Może być wywołany przez patogeny lub substancje obce (np. pestki owoców). Typowe objawy to ból w okolicy pępka lub brzucha, nudności i wymioty, utrata apetytu i gorączka. W ciężkich przypadkach wyrostek musi być usunięty chirurgicznie, w przeciwnym razie może przebić się przez ścianę jelita, a zawartość jelita może dostać się do jamy brzusznej. Choroba Leśniowskiego-Crohna i wrzodziejące zapalenie jelita grubego to przewlekłe choroby zapalne jelit. Choroba Leśniowskiego-Crohna może dotyczyć całego przewodu pokarmowego, ale często ogranicza się do ostatniego odcinka jelita cienkiego (jelito kręte) lub górnej części jelita grubego (okrężnica wstępująca). Zapalenie dotyczy zwykle całej ściany jelita. Z kolei wrzodziejące zapalenie jelita grubego dotyczy jelita grubego i odbytnicy (okrężnicy i odbytu), a stanem zapalnym objęta jest tylko błona śluzowa jelita. Nowotwory łagodne bardzo często występują w jelicie grubym. Nazywane są gruczolakami i z wiekiem stają się coraz częstsze. Zwykle są one nieszkodliwe, ale zmiany w materiale genetycznym (mutacje) mogą sprzyjać rozwojowi od gruczolaka do raka jelita. Rak jelita grubego jest najczęstszym nowotworem złośliwym przewodu pokarmowego i w ciągu ostatnich 30 lat znacznie wzrósł w krajach uprzemysłowionych. Ponieważ szanse na wyleczenie są szczególnie wysokie we wczesnych stadiach, eksperci zalecają regularne badania przesiewowe od 50 roku życia.