Eksperci zalecają na przykład przyjmowanie określonych probiotyków przy zespole jelita drażliwego (IBS): szczep bakterii "Lactobacillus rhamnosus GG" nadaje się na przykład dla pacjentów z IBS, u których głównym objawem jest ból. Jeśli natomiast pacjenci cierpią głównie na wzdęcia lub zaparcia, probiotyk "Lactobacillus casei Shirota" jest prawdopodobnie lepszym wyborem. Wykazano, że probiotyki są skuteczne w infekcyjnych chorobach biegunkowych: Czas ich trwania można skrócić, przyjmując pewne szczepy bakterii. Skuteczność niektórych probiotyków została naukowo uznana również w przypadku innych chorób. Należą do nich przewlekłe choroby zapalne jelit, takie jak wrzodziejące zapalenie jelita grubego oraz przewlekłe zaparcia. Ponadto niektóre szczepy probiotyczne mogą być stosowane do odbudowy flory jelitowej po antybiotykoterapii. Probiotyki są przynajmniej potencjalnie pomocne w przypadku innych chorób. Na przykład, mówi się, że ciężkość, czas trwania i występowanie częstych infekcji dróg oddechowych są zmniejszone dzięki pewnym szczepom bakterii. Przypuszczalnie wybrane probiotyki zapobiegają również objawom alergicznym atopowego zapalenia skóry (neurodermia) oraz wspomagają leczenie "zarazka żołądkowego" Helicobacter pyloris. Celowe zastosowanie terapeutyczne probiotyków wymaga przyjmowania właściwych zarazków. W ciągu ostatnich dziesięcioleci wiele różnych szczepów zostało przebadanych pod kątem ich korzyści zdrowotnych. W trakcie tego procesu naukowcy odkryli, jak bardzo różnią się one w swoich skutkach. To co robi jeden szczep probiotyczny, inny nie może i odwrotnie. Probiotyki nie są uniwersalnymi środkami, które równie pozytywnie wpływają na trawienie, układ odpornościowy i psychikę. Dlatego ważne jest, aby do każdego objawu czy choroby dobrać odpowiedni probiotyk.