W najnowszym badaniu zamieszczonym w serwisie bioRxiv* przeprowadzono nadzór nad występowaniem koronawirusa 2 zespołu ostrej niewydolności oddechowej (SARS-CoV-2) u dzikich zwierząt w Vermont w Stanach Zjednoczonych (USA). Odnotowano naturalne zakażenia SARS-CoV-2 u zwierząt. Zwierzęta, które ułatwiają przenoszenie wirusa w obrębie gatunku, stają się rezerwuarami wirusa, co prowadzi do zmian ewolucyjnych, które stanowią zagrożenie w przypadku ponownego wprowadzenia u ludzi. Scenariusz ten został udokumentowany na fermach norek. W Holandii zarejestrowano pięć ognisk w 2020 r., co doprowadziło do zakażeń SARS-CoV-2 w ponad połowie ferm norek. Dane z sekwencjonowania wskazały na liczne zdarzenia typu spillover i spillback między norkami a ludźmi. Ostatnie badania wykazały podatność członków rodziny Cervidae z Ameryki Północnej na SARS-CoV-2. Chociaż badania wykazały zakażenie dzikich zwierząt wirusem SARS-CoV-2 w kilku stanach USA i Kanady, brak jest informacji dotyczących Vermont. W niniejszym badaniu naukowcy przeprowadzili nadzór nad SARS-CoV-2 u zwierząt w Vermont. Nadzór był prowadzony podczas sezonów łowieckich i odłowów w 2021 r. oraz sezonu łowieckiego w 2022 r. w całym stanie. Pobierali próbki od lisów szarych/czerwonych, rybaków, kojotów, bobków, jeleni białych, niedźwiedzi czarnych i wydr. Jeleń był priorytetem w pobieraniu próbek; najwięcej próbek (u jeleni) pobrano w 2022 roku - 470 próbek w porównaniu do 17 w 2021 roku. Pod koniec sezonu 2021 z próbek wyekstrahowano RNA i przeprowadzono ilościową reakcję łańcuchową polimerazy z odwrotną transkrypcją (RT-qPCR) w celu wykrycia RNA SARS-CoV-2 przy użyciu zestawów starterów N1 i N2. W żadnej z próbek z 2021 roku nie wykryto wirusowego RNA. Spośród 472 próbek w 2022 roku, 133 były pozytywne dla obu starterów. Średni próg cyklu (CT) wynosił 36,6 i 38 dla N1 i N2, odpowiednio. Dodatkowo, wiele próbek było pozytywnych dla jednego ze starterów; 28 testowało pozytywnie dla N1, a 56 było pozytywnych dla N2. Ta nagła wysoka pozytywność w 2022 próbkach, przy wysokich średnich wartościach CT i braku próbek z CT mniejsze niż 30 i CT mniejsze niż 33 dla N2, wskazywała na możliwość kontaminacji. Laboratorium na Uniwersytecie w Vermont zainicjowało oddzielny projekt in vitro obejmujący ekspresję nukleokapsydu SARS-CoV-2. Konstrukty DNA z sekwencjami rozpoznawalnymi przez primery N1/N2 były obecne w laboratorium. W związku z tym zespół ocenił, czy pozytywne wyniki testów były autentyczne, czy też wynikały z kontaminacji. Badacze uzyskali wymazy środowiskowe z powszechnych przedmiotów/powierzchni w laboratorium. Wszystkie wymazy testowały pozytywnie dla N1 i N2, z wartościami CT sięgającymi 23,6. W reakcji nie amplifikowała się żadna kontrola negatywna. Następnie przeprowadzono qPCR, aby określić, czy zanieczyszczenie było wirusowym DNA czy RNA. Średnio, pozytywne kontrole (kliniczne próbki SARS-CoV-2) w qPCR miały 5,4 cykli wyższe CT dla N1 niż w RT-qPCR. Dwie pozytywne próbki kontrolne ze starterem N2 były niewykrywalne w qPCR, podczas gdy CT było o 1,8 cyklu wyższe dla jednej pozytywnej kontroli pozytywnej dla N2. Wartości CT wszystkich próbek laboratoryjnych były zgodne między testami qPCR i RT-qPCR, co sugeruje zanieczyszczenie wirusowym DNA. Ponadto, zespół porównał reakcje RT-qPCR i qPCR na wybranych pozytywnych próbkach od jeleni. Kwasy nukleinowe SARS-CoV-2 były wykrywalne, ze stałymi wartościami CT pomiędzy testami. Sugerowało to, że początkowe pozytywne wyniki dla próbek zwierzęcych były prawdopodobnie zanieczyszczeniem DNA. Dlatego też zespół powtórzył testy RT-qPCR z użyciem zestawu primerów genu otoczki (E), ponieważ konstrukty DNA używane w laboratorium nie posiadały sekwencji genu E. Wszystkie 2022 próbki były niewykrywalne przez ten zestaw primerów, co sugeruje, że dzikie zwierzęta w Vermont nie zawierają RNA SARS-CoV-2. Podsumowując, badanie nie wykazało obecności SARS-CoV-2 u dzikich zwierząt w Vermont. Było to zaskakujące, ponieważ wcześniejsze badania wykazały wskaźniki pozytywności > 30% i seropozytywności > 40% u jeleni białych. Nieliczna populacja i stosunkowo niski wskaźnik zachorowań na koronawirusy 2019 (COVID-19) w Vermont mogły zmniejszyć ryzyko przeniesienia SARS-CoV-2 z ludzi na jelenie. Chociaż wyniki są uspokajające, jest mało prawdopodobne, że będzie to trwało w nieskończoność, zwłaszcza że przypadki są coraz częściej zgłaszane u dzikich zwierząt w sąsiednich regionach. Nadzór powinien być prowadzony w całej Ameryce Północnej w celu wykrycia transmisji i adaptacji wirusa u dzikich zwierząt.