W najnowszym badaniu opublikowanym w Eurosurveillance Journal, naukowcy wykryli kryptyczną linię koronawirusa 2 (SARS-CoV-2) zespołu ostrej niewydolności oddechowej na fermach norek w Polsce. Podczas pandemii choroby koronawirusowej 2019 (COVID-19) produkcja norek bardzo ucierpiała na całym świecie, zwłaszcza po doniesieniach o przenoszeniu SARS-CoV-2 z człowieka na zwierzę i odwrotnym rozprzestrzenianiu się choroby. Jednak w przeciwieństwie do Danii i Holandii, gdzie dokonano uboju norek, Polska tego nie zrobiła. W związku z tym Polska stała się największym producentem norek w Europie. Jednak liczba ferm norek w Polsce drastycznie spadła, z 350 do 166, w latach 2019-2023. Problemy z importem futer i malejący popyt na futra na całym świecie napędzały ten spadek. W Polsce rozpoczęli testowanie wszystkich ferm norek przy użyciu nowatorskiego schematu od grudnia 2021 r., aby wykryć SARS-CoV-2 u zwierząt, gdy zwierzęta gospodarskie zaczęły wykazywać objawy chorobowe, zaczęły umierać lub pracownicy testowali COVID-19-pozytywny. Zebrali oni wymazy z jamy ustno-gardłowej do testów reakcji łańcuchowej odwrotnej transkrypcji-polimerazy w czasie rzeczywistym (RT-PCR) z trzech gospodarstw (Farms 14, 16, & 17) zlokalizowanych na nizinnym obszarze rolniczym, ale w odległości 8 km. Badacze zidentyfikowali pierwsze pozytywne gospodarstwo w styczniu 2021 roku i 13 kolejnych gospodarstw do lipca 2022 roku. Między wrześniem 2022 a styczniem 2023 roku zidentyfikowali trzy kolejne pozytywne fermy norek, Fermy 14, 16 i 17. Zespół zebrał próbki w celu przeprowadzenia sekwencjonowania całego genomu (WGS), którego wielkość próbki wykryła odpowiednio od 50% do 5% częstości występowania, z 95% pewnością. WGS pomógł badaczom zebrać dane dotyczące zmian w genomach SARS-CoV-2 wykrytych u norek. Ponadto badacze próbowali zlokalizować potencjalne źródła przedostawania się SARS-CoV-2 do norek. Przeprowadzili więc wywiady i wizyty terenowe zgodnie z procedurą opisaną w badaniu Sikkema i wsp. Zespół nie mógł przeprowadzić badań serologicznych; nie miał więc pojęcia, czy norki, które uzyskały wynik pozytywny (w tym badaniu), były w przeszłości kiedykolwiek zakażone. Badacze zidentyfikowali 14 ferm norek SARS-CoV-2-pozytywnych, gdzie zakażenia wywołały cztery typy wariantów SARS-CoV-2 należące do ośmiu linii filogenetycznych PANGO (Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak). Ponadto badacze wykryli nową, kryptyczną linię SARS-CoV-2 w krótkim okresie trzech miesięcy na dwóch fermach norek położonych w bliskiej odległości geograficznej. Analizy filogenetyczne ujawniły, że wirusy z obu ferm norek tworzyły klaster ściśle powiązany z sekwencjami genomu wirusa B.1.1.307 pobranymi z tego regionu Polski i różnych części Europy prawie dwa lata temu z ludzkich przypadków COVID-19; jednak z >40 polimorfizmami pojedynczych nukleotydów (SNP). Wirusy wykryte na fermach norek były prawie identyczne, ale z kilkoma mutacjami nie występującymi w szczepie Wuhan-Hu1 i ludzkim B.1.1.307 SARS-CoV-2, w tym F486L i N501T w kolcu (S), co sugerowało ewolucję wirusa w norkach. Inne mutacje były substytucjami aminokwasowymi i delecjami odpowiednio w pozycjach F486L, N501T, W64L, T572I i S929I oraz w pozycjach 140-143. Negatywne wyniki testów RT-PCR u pracowników fermy i rodzin właścicieli wykluczyły możliwość przewlekłego sheddera wirusowego, który wprowadził SARS-CoV-2 do norek. Nieokreślone źródło zwierzęcia prawdopodobnie wprowadziło wirusa do norek. We wszystkich trzech gospodarstwach, w których norki wykazały wynik pozytywny na obecność SARS-CoV-2, norki mogły mieć kontakt z kotami lub innymi dzikimi zwierzętami mięsożernymi, które prawdopodobnie były żywicielami pośrednimi SARS-CoV-2. Badacze zaobserwowali, że wszystkie trzy fermy SARS-CoV-2-pozytywne miały betonowe ogrodzenie o wysokości 1,8 m, w którym nie było otworów umożliwiających dzikim zwierzętom wejście. Jednak drzewa po obu stronach, które sięgały w poprzek, stanowiły potencjalną drogę wejścia do gospodarstw. Ponadto istniały inne bariery chroniące norki hodowlane, np. klatki z siatki drucianej na słupach bez ścian. Przy wjeździe na fermę znajdowały się bramy z blachy falistej. Wywiady z pracownikami i właścicielami ferm potwierdziły sporadyczną obecność na fermach norek dzikich zwierząt mięsożernych, np. lisów. Ponadto wspominali, że dzikie gatunki ptaków również sporadycznie odwiedzały te fermy. Chociaż pracownicy fermy nie wiedzieli o żadnych zbiegłych norkach, niektóre z nich mogły uciec. Inną możliwością jest to, że żyjąca na wolności norka wprowadziła SARS-CoV-2 do norek hodowlanych; ta hipoteza wymaga jednak sprawdzenia. Z drugiej strony, badacze byli pewni, że spotkanie z wirusem miało miejsce niedawno. Szczep SARS-CoV-2 wykryty u norek hodowlanych różnił się od zakażającego człowieka SARS-CoV-2 tylko o 40 nukleotydów, co wskazywało na to, że został pozyskany niedawno i szybko ewoluował. Norki na fermach SARS-CoV-2-pozytywnych nie miały typowych objawów chorobowych, co podnosiło prawdopodobieństwo niezależnej ewolucji wirusa i potencjalnego źródła nowych szczepów, które mogłyby wywołać nowe ogniska. Jak dotąd nie udało się wykryć przeniesienia zidentyfikowanej kryptycznej linii SARS-CoV-2 do populacji ludzkiej. Na fermach norek nie było nietoperzy. Jednakże zespół znalazł zdziczałe koty na wszystkich fermach norek badanych podczas badania. Badanie odchodów zdziczałych kotów na obecność SARS-CoV-2 dało wynik negatywny.